正常情况下动物肠道内的微生物菌群保持着一种微生态平衡，肠道微生物菌群的这种平衡在营养物质消化吸收、维系宿主健康中起着关键作用。
益生菌为一种活性微生态制剂，主要包括乳酸菌类、芽孢杆菌类和酵母菌类，其中芽孢杆菌能够通过分泌细胞外酶来降解抗营养因子，乳酸菌能够产生有机酸并降低底物的pH，酵母菌能够将肠杆菌结合到其表面并且能够阻断大肠杆菌与肠上皮的结合。
本试验结果表明，复合益生菌发酵饲料能够显著提高断奶仔猪肠道中双歧杆菌和乳酸杆菌等有益菌数量，降低大肠杆菌等有害菌数量，有益菌群数量的增加和有害菌群数量的下降，优化了仔猪肠道内的微生物菌群平衡，提高了仔猪肠道健康水平，与本试验中提高生长性能和降低腹泻率的检测结果体现出了一致性。同时，本研究试验结果与Price等的研究结果相一致，其研究表明，饲喂微生物发酵饲料能够显著提高仔猪肠道微生物菌群中的Bacteroides属菌群比例。