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同时还可降解植物性饲料中的纤维素、半纤维素和木质素等，可明显促进动物对营养物质的消化吸收，进而提高饲料利用率。芽孢杆菌还可以消耗大量的氧，维持肠道厌氧环境，抑制致病菌的生长，维持肠道正常生态平衡，增强机体。我国已应用于生产的需氧芽孢杆菌主要有蜡样芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌、地衣芽孢杆菌和巨大芽孢杆菌。链球菌属主要包括粪链球菌和乳酸链球菌。可以产生各种抗菌物质和，起到抑制有害菌生长繁殖的作用以及消除有毒、有害代谢产物的作用，起到调节肠道菌群的效果。其他常用于微生物发酵饲料的菌株还包括光合细菌、拟杆菌、木霉等。目前可用于微生物发酵饲料生产的菌种数量多并且趋向菌株的协同发酵。两种或两种以上微生物协同发酵。
