益生菌是用来恢复人体肠道菌群平衡的，只有当我们出现了肠道菌群紊乱迹象的时候，才可以适度地服用益生菌制剂。肠道菌群紊乱的症状包括腹泻、消化不良、腹胀等。如果我们没有肠道菌群紊乱的问题，服用益生菌制剂反而会打乱肠道正常的菌群平衡，往往是得不偿失的。
当然了，我们这里说的是益生菌制剂，是作为药品上市的益生菌产品。这里并不包括酸奶以及含有活菌的益生菌产品，这些产品也有一定的助消化和保健预防的作用，但里面含有的益生菌数量和活性都是有限的，因此只能作为营养品食用。它们用来治疗疾病的价值是值得商榷的。
因此，我们要区别对待医药级的益生菌制剂和食品级的益生菌产品。只有那些标注了“药准字号”的产品才是可以治疗肠道菌群紊乱性疾病的；而那些没有“药准字号”的产品只有膳食营养补充的作用。即使是具有膳食营养补充作用的益生菌产品，也不是所有人都适合服用的，对这些产品过敏或者有胃肠道方面疾患的人，也要谨慎服用。
关于益生菌制剂的适应证，也就是大家所说的可以治什么病，较为一致的意见是三种情况：（1）腹泻性肠易激综合征；（2）感染性腹泻；（3）服用抗生素后出现的腹泻问题。
与其他药物一样，益生菌也是有一定的副作用的：
1、感染，益生菌说白了也是一种细菌或者一类细菌，在某些特定的情况下也会诱发感染问题，特别是细菌感染和真菌感染；
2、耐药，某些有害菌的基因片段会转移到益生菌的基因序列中；相反的，益生菌的基因片段也会转移到某些有害菌的基因序列中，从而产生了抗生素耐药问题；
3、有害代谢，大多数情况下益生菌都会产生对人体有益的物质，但凡事都有例外，个别情况下益生菌的某些代谢产物对人体也会产生有害的作用。
这个世界上的任何事物都是利与弊共存的，我们要做的是兴利除弊，而不是因噎废食。任何过于绝对的说法，都是不可取的。